医師として独り立ちするには、卒後、約10年間、初期?後期臨床研修を通して、専門的な研鑽を積む必要があります。
札幌医科大学「卒後プログラム」は、道内各地の病院と連携しており、その教育ネットワークが豊富な病例経験を可能にし、真に実力のある医師を養成します。専門医の資格を取得するまでのキャリア形成も、札医大がサポートします。 

医学部6年生では、地域基幹病院において、学生が医療チームの一員として診療参加型の臨床実習を行い、医療現場に即した基本的診療能力を徹底的に養います。
この取組は、全国の先進モデルとして文部科学省に選定され（平成24年度）、補助事業終了後も継続して開講しています。 

医学部1年生から3年生では、道内各地に赴き、地域の生活や医療体制、健康課題等について、住民と交流することで、地域医療に必要な視点を身に付けます。
また、現地の医療スタッフから多職種連携やチーム医療を学びます。 

札幌医科大学大学院では、生命倫理から再生医療まで、3専攻11領域60科目にわたる幅広い分野の中で研究を行い、学位（医学博士）を取得することができます。例年、約40から50名が博士号を取得しています。 

医学部2年生から5年生では、大学院教育を学部在籍中から開始するMD-PhDプログラムを履修することができ、通常4年間の大学院博士課程を3年間で修了することが可能になります。
優れた研究指導者のもと、最先端の医学研究に早期から関わることで、必要な論理的思考力や考察力を身に付けます。
合計70名の学生が履修しており、履修者の研究成果が国際論文や教科書に掲載されるなど、本プログラムと履修者の今後に期待が集まっています。 

医学部3年生では、生理学や病理学等、基礎医学研究等を行う講座に1ヶ月間全員が配属されます。研究テーマを基に、海外の論文を読んだり、研究室の中で議論し合うことで、真理を追求する科学者の姿勢を学びます。 

札幌医科大学医学部「北海道医療枠」「地域枠」「特別枠」の入学生は、卒業後、一定期間道内の医療機関に勤務することになりますが、「卒後キャリア形成プログラム」における道内関連教育病院のネットワークの中で豊富な症例を経験し、臨床医として実力を磨いていきます。また、その過程で、専門医資格の取得に必要な症例を効率的に経験することもできます。さらに、プログラム期間中に大学院に進学し、学位（医学博士）を取得することも可能です。
なお、「北海道医療枠」「地域枠」卒後プログラムでは、研究医育成のためのプログラムも用意しています。